Quy trình lập kế hoạch phòng thí nghiệm vi sinh đầu tiên cần phải xem xét tính linh hoạt của phòng thí nghiệm: mỗi phòng thí nghiệm có đủ không gian để đặt đồ nội thất và thiết bị thí nghiệm. Các không gian riêng biệt cũng có thể được bố trí độc lập cho các mục đích tương ứng của chúng và các cấu hình mô-đun sẽ được thay đổi mà không ảnh hưởng đến việc sử dụng phòng thí nghiệm có liên quan.

2, theo nhu cầu để xem xét nền kinh tế quy hoạch: phòng thí nghiệm phải đưa vào tài khoản sự tiện lợi của hoạt động nhân sự, phân chia hiệu quả của nhân viên làm việc và cấu hình, do đó tránh lãng phí không gian.
3, sắp xếp hợp lý, khả năng mở rộng: phòng thí nghiệm nên được dựa trên việc bổ sung các mô-đun cấu trúc và không gian tái sử dụng, có thể thực hiện sự co và mở rộng cần thiết mà không ảnh hưởng đến các thí nghiệm liên quan.
4. An toàn trong phòng thí nghiệm: Cấu hình khu vực trong phòng thí nghiệm cần được phân chia theo mức độ rủi ro tiềm tàng của nó. Vị trí lưu trữ của lá chắn khói và axit và các vật liệu dễ cháy và không gian được cấp cho thùng an toàn sinh học sẽ được đặt trong vùng nguy cơ cao hơn, ví dụ ở phía sau phòng thí nghiệm (cách xa lối ra). Một lượng không gian nhất định và các đoạn chất thải thích hợp sẽ được sử dụng để tạo lớp bảo vệ thứ hai cho các đai nguy hiểm cao hơn. Các khu vực có nguy cơ thấp của mỗi phòng thí nghiệm sẽ được sử dụng để sắp xếp một loạt các hoạt động countertop khô như bàn viết, máy tính và dụng cụ. Các hoạt động countertop ướt được đặt trong khu vực có nguy cơ trung bình.
5, phòng thí nghiệm: các lối đi trong phòng thí nghiệm và lối vào và lối ra sẽ cung cấp một kênh hành động đơn giản và cung cấp các kênh tương ứng phù hợp với các định mức trong nước có liên quan.